7.1. アモルファス SiO2

sovapyのサンプルで（example/amorphous_md/a_SiO2_speed1e11K.xyz）を読み込みます.

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7.1.1. 配位数

左側の3D ViewのプルダウンでCoodination Number Histogramを選択すると元素周りの配位数が計算されます. 左下のCalculate and Plotで計算されます. 下の図ではSi周りの原子数をヒストグラムで表示しています.ElementでOに変更できます. この結合はEditタブのＢondで指定した結合内の原子数をカウントしています.

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7.1.2. 角度分布

左側の3D ViewのプルダウンでBond Angle Histogramを選択すると角度分布が計算され 左下のCalculate and Plotで計算されます. 下の図ではO-Si-O角度分布を示しています.SiO4の４面体構造の中心角109.5°を中心とした分布になっています. この結合はEditタブのＢondで指定した結合内の原子数をカウントしています.

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7.1.3. PDF

PDFタブでCalculatボタンをクリックし、3D View表示プルダウンでPair Distribution Function選択、 Partial g(r)を表示すると各原子対の二体分布関数g(r)が表示されます.

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7.1.4. Ring

RingタブでCalculatボタンをクリックしすると、Guttmanタイプのリングが計算されます. 全部で271個のリングが計算されリストで22番のリングをせんたくすると3D Viewで黄色に強調されます.

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7.1.5. Cavity

CavityタブでCalculatボタンをクリックしすると、3種類のCavityが計算されます. 全部で271個のリングが計算されリストで22番のリングをせんたくすると3D Viewで黄色に強調されます.

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