8. その他

8.1. 構造データのファイル形式

SOVAで取り扱える構造データのファイル形式を説明します.

8.1.1. XYZ File（*.xyz）

1行目に原子数、2行目に単位胞（シミュレーションボックス）の形状、3行目以降に元素位置の情報を記載する形式です. 2行目に記載する形状は、CUB（立方晶系; Cubic）、ORT（直方晶系; Orthorhombic）、MON（単斜晶系; Monoclinic）、 TET（正方晶系; Tetragonal）、TRI（三斜晶系; Triclinic）、RHO（菱面体晶系; Rhombohedral）のいずれかになります.

格子を定める並進ベクトルの長さa,b,c、ベクトル間の角度をalpha, beta, gammaとする.角度は ラジアン で記載する. 立方晶系 は、3つの並進ベクトルの長さは全て等しく、角度は90度である. そこで、長さaだけを用いて、以下のように指定する.:

CUB a

直方晶系 は、ベクトル間の全ての角度は90度であるので、ベクトル長だけを指定する.:

ORT a b c

単斜晶系 は、ベクトル長は全て異なり、alphaとgammaは90度であるので、以下で指定する.:

MON a b c beta

正方晶系 は、ベクトル長のaとbが等しく、角度は全て90度であるので、以下で指定する.:

TET a c

三斜晶系 は、ベクトル長と角度は全て異なるので、以下で指定する.:

TRI a b c alpha beta gamma

菱面体晶系 は、ベクトル長が全て等しく、角度も全て等しいので、以下で指定する.:

RHO a alpha

３行目以降には、各行に元素名と３次元座標を示す３つの数値（オングストローム）を記述する.

8.1.2. Extend XYZ File（*.exyz）

ASE (atomic simulation environment)の機能を用いて、読み込みます. 2行目以外は、xyz形式と同じです. 2行目に、単位胞の情報がLattice="..."と記載されます. 詳しくは、ASEのHP を参考にしてください.

8.1.3. Crystallographic Information File（*.cif）

結晶の構造データを記述する標準データ形式です.SOVAでは、`PyCifRW <https://pypi.org/project/PyCifRW/>`_の機能を用いてファイルを読み込みます。

8.1.4. RMC data format File (*.cfg)

RMC++等で出力される構造データ形式です. 元素の種類が記載されていないので、ファイル読み込み時に元素の指定が必要です.

8.2. ツールバー

ツールバーを使用して表示が変更できます.

8.2.1. OpenとSave

Open : ファイルを開きます
Save : 現在のGUI状態を保存します

_images/toolbar_open_save.png

8.2.2. 表示

原子の表示を変更します.3種類（Ball and Stick、Liquorice Stick、VDW）可能です.

_images/toolbar_view.png

	Ball and Stick
	Liquorice Stick
	VDW

8.2.3. カラー

背景色を変更します.

_images/toolbar_color.png

8.3. マウス

	回転
	移動
	ズーム