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アモルファス SiO2
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sovapyのサンプルで（example/amorphous_md/a_SiO2_speed1e11K.xyz）を読み込みます.

.. image:: ./images/tutorial_sio2_open.png


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配位数
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左側の3D ViewのプルダウンでCoodination Number Histogramを選択すると元素周りの配位数が計算されます.
左下のCalculate and Plotで計算されます.
下の図ではSi周りの原子数をヒストグラムで表示しています.ElementでOに変更できます.
この結合はEditタブのＢondで指定した結合内の原子数をカウントしています.

.. image:: ./images/tutorial_sio2_number.png

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角度分布
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左側の3D ViewのプルダウンでBond Angle Histogramを選択すると角度分布が計算され
左下のCalculate and Plotで計算されます.
下の図ではO-Si-O角度分布を示しています.SiO4の４面体構造の中心角109.5°を中心とした分布になっています.
この結合はEditタブのＢondで指定した結合内の原子数をカウントしています.

.. image:: ./images/tutorial_sio2_angle.png

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PDF
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PDFタブでCalculatボタンをクリックし、3D View表示プルダウンでPair Distribution Function選択、
Partial g(r)を表示すると各原子対の二体分布関数g(r)が表示されます.

.. image:: ./images/tutorial_sio2_pdf.png

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Ring
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RingタブでCalculatボタンをクリックしすると、Guttmanタイプのリングが計算されます.
全部で271個のリングが計算されリストで22番のリングをせんたくすると3D Viewで黄色に強調されます.

.. image:: ./images/tutorial_sio2_ring.png

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Cavity
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CavityタブでCalculatボタンをクリックしすると、3種類のCavityが計算されます.
全部で271個のリングが計算されリストで22番のリングをせんたくすると3D Viewで黄色に強調されます.

.. image:: ./images/tutorial_sio2_cavity.png