################## その他 ################## .. _file_format: *********** 構造データのファイル形式 *********** SOVAで取り扱える構造データのファイル形式を説明します. XYZ File（\*.xyz） =========== 1行目に原子数、2行目に単位胞（シミュレーションボックス）の形状、3行目以降に元素位置の情報を記載する形式です. 2行目に記載する形状は、CUB（立方晶系; Cubic）、ORT（直方晶系; Orthorhombic）、MON（単斜晶系; Monoclinic）、 TET（正方晶系; Tetragonal）、TRI（三斜晶系; Triclinic）、RHO（菱面体晶系; Rhombohedral）のいずれかになります. 格子を定める並進ベクトルの長さa,b,c、ベクトル間の角度をalpha, beta, gammaとする.角度は **ラジアン** で記載する. **立方晶系** は、3つの並進ベクトルの長さは全て等しく、角度は90度である. そこで、長さaだけを用いて、以下のように指定する.:: CUB a **直方晶系** は、ベクトル間の全ての角度は90度であるので、ベクトル長だけを指定する.:: ORT a b c **単斜晶系** は、ベクトル長は全て異なり、alphaとgammaは90度であるので、以下で指定する.:: MON a b c beta **正方晶系** は、ベクトル長のaとbが等しく、角度は全て90度であるので、以下で指定する.:: TET a c **三斜晶系** は、ベクトル長と角度は全て異なるので、以下で指定する.:: TRI a b c alpha beta gamma **菱面体晶系** は、ベクトル長が全て等しく、角度も全て等しいので、以下で指定する.:: RHO a alpha ３行目以降には、各行に元素名と３次元座標を示す３つの数値（オングストローム）を記述する. Extend XYZ File（\*.exyz） =========== ASE (atomic simulation environment)の機能を用いて、読み込みます. 2行目以外は、xyz形式と同じです. 2行目に、単位胞の情報がLattice="..."と記載されます. 詳しくは、`ASEのHP `_ を参考にしてください. Crystallographic Information File（\*.cif） =========== 結晶の構造データを記述する標準データ形式です.SOVAでは、`PyCifRW `_の機能を用いてファイルを読み込みます。 RMC data format File (\*.cfg) =========== RMC++等で出力される構造データ形式です. 元素の種類が記載されていないので、ファイル読み込み時に元素の指定が必要です. *********** ツールバー *********** ツールバーを使用して表示が変更できます. OpenとSave =========== - Open : ファイルを開きます - Save : 現在のGUI状態を保存します .. image:: ./images/toolbar_open_save.png 表示 =========== 原子の表示を変更します.3種類（Ball and Stick、Liquorice Stick、VDW）可能です. .. image:: ./images/toolbar_view.png .. list-table:: * - .. image:: ./images/ball_stick.png :scale: 80% - Ball and Stick * - .. image:: ./images/liquorice.png :scale: 80% - Liquorice Stick * - .. image:: ./images/vdw.png :scale: 80% - VDW カラー =========== 背景色を変更します. .. image:: ./images/toolbar_color.png *********** マウス *********** .. list-table:: * - .. image:: ./images/rotate.png :scale: 80% - 回転 * - .. image:: ./images/move.png :scale: 80% - 移動 * - .. image:: ./images/zoom.png :scale: 80% - ズーム