6. 関数(pythonコンソール)
SOVAではコンソールから直接データを操作できます。以下に示す関数を利用できます。
コンソールでは最初に以下のライブラリをインポートします
from pyrmc import *
![_images/console.png](_images/console.png)
atom_info
原子情報を得る
引数
index : (int)、原子番号(0から始まるインデックス)
戻り値
なし
使用例
atom_info(10)
出力
Element : Si
Position : [-12.18384417 -15.9177806 0.89377566]
calc_rings
リングの「roundness」と「roughness」を計算する
引数
なし
戻り値
roundness, roughness : (list), (list), リングの丸さと歪みの配列
使用例
roundness, roughness = calc_rings()
print(roundness[2], roughness[2])
出力
0.6297377001958491 0.3526823489133363
density
化学組成と数密度から密度を求める
引数
compound : (string), 化学式
num_density : (float), 数密度
戻り値
density : (float)、密度(g/cm^3)
使用例
density('H2O', 0.09)
出力
0.8974522873822697
get_atoms
atombオブジェクトを得る
引数
なし
戻り値
atoms : (list), atomオブジェクトのリスト
get_neigh
ある原子からの近傍原子を得る
引数
center : (int), 原子インデックス(0から始まる)
rmax : (float), 検索する原子間距離
戻り値
indices, dis : (list), (list)、原子インデックスリスト、対応する原子間距離