6. 関数（pythonコンソール）

SOVAではコンソールから直接データを操作できます。以下に示す関数を利用できます。

コンソールでは最初に以下のライブラリをインポートします

from pyrmc import *

atom_info

原子情報を得る

• 引数

  • index : (int)、原子番号（0から始まるインデックス）

• 戻り値

  • なし

使用例

atom_info(10)

出力

Element : Si

Position : [-12.18384417 -15.9177806 0.89377566]

calc_rings

リングの「roundness」と「roughness」を計算する

• 引数

  • なし

• 戻り値

  • roundness, roughness : (list), (list), リングの丸さと歪みの配列

使用例

roundness, roughness = calc_rings()

print(roundness[2], roughness[2])

出力

0.6297377001958491 0.3526823489133363

density

化学組成と数密度から密度を求める

• 引数

  • compound : (string), 化学式

  • num_density : (float), 数密度

• 戻り値

  • density : (float)、密度（g/cm^3）

使用例

density('H2O', 0.09)

出力

0.8974522873822697

get_atoms

atombオブジェクトを得る

• 引数

  • なし

• 戻り値

  • atoms : (list),　atomオブジェクトのリスト

get_neigh

ある原子からの近傍原子を得る

• 引数

  • center : (int), 原子インデックス（0から始まる）

  • rmax : (float), 検索する原子間距離

• 戻り値

  • indices, dis : (list), (list)、原子インデックスリスト、対応する原子間距離